Для диалектического понимания целостности сложных систем важное значение имеет определение целостности организма, предложенное И. И. Шмальгаузеном: «Целое не получается суммированием частей, хотя бы и при участии какого-либо дополнительного фактора. Оно развивается одновременно с обособлением частей, по мере прогрессивного усложнения организации».
«Организм,- подчеркивает И. И. Шмальгаузен в итоговой формулировке,- не сумма, а система, т. е. соподчиненная сложная взаимосвязь частей, дающая в своих противоречивых тенденциях, в своем непрерывном движении высшее единство, развивающуюся организацию».

Целостность характеризуется прежде всего как способность системы иметь качества, отсутствующие у каждого из ее элементов (свойство «эмерджентности»). Такие ансамблевые черты связаны с диалектическим законом перехода количественных изменений в качественные.
Дальнейшее развитие целостности   и  элементности выражается в виде способности высокоорганизованных систем к самоусложнению. Целостность, эмерджентность, самоусложняемость - это узловые моменты прогрессивной эволюции сложных динамических систем.
Наряду с законом перехода количественных изменений в качественные для исследования систем сложного динамизма принципиальное значение имеет диалектический закон единства и борьбы противоположностей.
Только диалектическая трактовка противоречивости объективной реальности способна естественным путем истолковать тот факт, что система - «элементна», а элементы - «системны».
Центральное противоречие познания систем - противоречие целостности (системности) и элементности.
Диалектическое разрешение этого противоречия, составляющее ключ ко всем теоретическим построениям, относящимся к системам, заключается в признании того факта, что в каждой из противоположностей заключен момент ее отрицания, что система - это единство целостности и элементности, а элемент немыслим без системы; одно включает себя как самое себя, так и «свое другое».
На основе принципа взаимопроникновения моментов целостности и элементности, сложности и динамизма на первый план выдвигается не противопоставление сложных систем простым (вообще абсолютно «простых» систем не существует, но в данных условиях развития науки одни системы могут приниматься за относительно простые), а сопоставление систем сложного динамизма и систем «простого динамизма». Черты сложных динамических систем выступают как особенности сложного динамизма. Исходя из этого соображения, рассмотрим некоторые вопросы классификации систем. В литературе системы классифицируются по разным основаниям.
Однако для выяснения специфических черт и определения систем сложного динамизма целесообразно разделить системы на два больших класса: класс систем простого динамизма и класс систем сложного динамизма. Конечно, не вызывает сомнения относительность их разграничения, как и вполне понятно, что внутри каждого из этих обширных классов имеются свои градации сложности.
Главная черта систем простого динамизма заключается в жесткой отграниченности элементов друг от друга, в отсутствии существенного влияния одного элемента на другие элементы сами по себе. Как уже отмечалось, изменение одного элемента, влияя на целое, тем самым, очевидно, оказывает в конечном счете опосредствованное воздействие и на другие элементы. Однако до этого конечного результата элементы такой системы находятся в состоянии рядомположенности, а не коррелятивной изменчивости. В силу этого принципом подхода к таким системам простого динамизма служит аксиома: «разделяйте факторы по одному». Основой этой разделимости системы на составляющие являются жесткие грани между элементами.
В коренное отличие от этого, системы сложного динамизма обладают глубокой внутренней слитностью и нераздельностью элементов. Системам сложного динамизма присуща связность второго, высшего порядка, когда к связи элементов как частей одной системы добавляется их неразделимость и взаимокоррелируемость. Сама сложность системы определяется не столько количеством ее элементов, сколько обилием связей между элементами и между системой и средой. Системы сложного динамизма - это системы, по известному выражению У. Эшби, перенасыщенные внутренними и внешними связями. Их природа противоречива - элементность и целостность выступают в них не в состоянии простого сосуществования во времени и пространстве, а в качестве органически единых моментов.