Таким образом, любые изменения в системе имеют строго определенные границы, рамки; выход за пределы рамок означает переход к другому качеству. Вследствие того что все процессы системы строго ограничены и при этом направлены на сохранение границ, процессы являются регулируемыми. Под регулированием в этой связи следует понимать действия, направленные на сохранение параметров в требуемом, заданном (структурой системы, ее качественной спецификой) состоянии. В клетке, например, регуляция достигается за счет подвижности элементов или смены последовательности процессов4. Высокодифференцированные системы характеризуются наличием самостоятельного аппарата регуляции.

Регуляторный механизм приводится в действие различными изменениями в системе. Назначение регуляторного механизма состоит в том, чтобы активировать потенциальные возможности, которые имеются у других элементов системы. Возникающие изменения являются сигналами, которые поступают к элементам с целью создать преднастройку, предустановить те средства, с помощью которых возможно будет погасить начавшиеся изменения в системе. Роль аппарата регуляции такова, как показывает Н. А. Бернштейн, что «образно можно было бы сравнить ее действие (имеется в виду нервная система, которая осуществляет регуляцию в организме - Н. А.) с зажатием пальцами скрипичной струны, которое само не создает звука, но определяет то, какой звук будет далее извлечен движением смычка».
Аппарат регуляции решает вопрос о том, какой из параметров должен измениться, чтобы стабилизировать состояние системы, каков будет тот путь, посредством которого произойдет это изменение. Регуляция выражается в активировании одних процессов и торможении других, смене последовательности этих процессов. Одним из способов, посредством которого обеспечивается равновесие системы, является тот, когда аппарат регуляции приводит в действие компенсаторный механизм. За счет последнего происходит уравновешивание изменений в системе.
Регулируемыми являются все процессы и на уровне системы в целом и на уровне частей различного порядка сложности. Каждая из частей восходящей сложности является, как было отмечено выше, относительно самостоятельной системой. Поэтому в каждой из них имеются специфические компенсаторные связи между изменениями, особые механизмы регулирования. В соответствии с имеющимися данными механизмы регулирования частей различной сложности связаны друг с другом и с целым и образуют в своей совокупности многоярусную систему управления. Высший уровень этой системы распространяет свой контроль на все нижележащие уровни. Например, в живом организме, имеющем многоуровневую систему регуляторных механизмов, клеточные механизмы регуляции находятся под контролем гормональных и нервных механизмов. В то же время последние возникают в процессе эволюции наиболее общих регуляторных механизмов, присущих каждой клетке.
Положение о том, что изменения частей - это основа, путь, посредством которого оказывается возможным изменение постоянных параметров системы, является одним из главных аргументов сторонников механистической концепции для доказательства возможности сведения одних форм материи к другим. Основываясь на том, что от изменения частей зависит развитие системы и что в конечном итоге система есть не что иное, как совокупность изменяющихся частей, сторонники концепции сведения экстраполируют закономерности существования частей на систему в целом. Так, исходя из того, что в основе жизненных процессов лежат физико-химические процессы и изменения живого наступают в результате изменения физико-химических структур, до сих пор иногда высказывается мнение, что биология является лишь нерешенной проблемой химии и физики, что свойства живого можно непосредственно вывести из законов взаимодействия атомов и молекул. Или, скажем, что химические свойства атомов и молекул исчерпываются движением атомных ядер и электронов.
В вопросе о связи процессов и структур, относящихся к различным уровням материи, следует видеть две стороны. Одна из них состоит в том, что исследование связи между процессами на уровне элементов и на уровне системы является одним из плодотворных путей определения специфики системы. Но данный путь таит в себе некоторую опасность, забвение которой может привести к методологическим ошибкам.
Исследование связи части и целого более чем когда-либо потребовало знания диалектики этой связи. Несмотря на то что сама идея о несводимости целого к его частям является в наши дни общеизвестной, очень часто при анализе сложных систем возникают трудности определения их специфики. Казалось бы, если свойства системы зависят от свойств ее частей, а изменение системы выступает как следствие изменения частей, то и специфику системы следует считать зависимой только от характерных признаков частей. Однако, считая процессы движения и изменения элементов внутренним механизмом, на основе которого происходят изменения системы, можно ли делать выводы и о том, что все специфические особенности системы - это только итог определенных индивидуальных особенностей частей? Или же система обладает и такими свойствами, механизм возникновения которых не может быть раскрыт с помощью и на основе изучения элементов? Ведь реально существующая система - это итог, результат связи: во-первых, элементов между собой, а во-вторых, многих систем друг с другом. Помимо того что система приобретает специфические черты вследствие определенного порядка взаимоотношения частей, особенности внутренних связей частей зависят в существенной мере и от внешних взаимодействий системы с другими системами.
Кроме того, в том случае, когда особенности одной системы пытаются свести к закономерностям существования других, как это имело место, например, при сведении жизненных процессов к физико-химическим, система сопоставляется не с ее частями, а с исходными компонентами. А исходный компонент вне рамок рассматриваемой системы существует, как известно, по своим специфическим закономерностям. Механисты исследуют не связь между структурно связанными объектами (целым и частью), а закономерности одной дискретной формы материи распространяют на качественно иную форму.
Но даже и в том случае, когда свойства системы пытаются представить не через свойства исходных компонентов системы, а через свойства ее актуальных частей, не следует забывать весьма существенного в методологическом отношении положения о том, что свойства части (актуальной) заданы, определены системой. Свойства части, ее функциональные характеристики предстают в этой связи как системные свойства. Это означает, что система определила то, чем стали части, какую роль они играют в составе целого. Выступая как источник изменения, развития системы, часть не может в силу своего служебного положения представить всей специфики целого.